The Modern Greek Architecture Archives (M.G.A.A.) of the Benaki Museum were founded in April 1995. Their objective is to collect all the diverse material (drawings, notes, publications, photographs, models etc.) related to the architecture and urban design of the neohellenic state, from its establishment in 1828 until today. All this material is recorded and classified in order to make it accessible to researchers.
Το Τμήμα των Φωτογραφικών Αρχείων του Μουσείου Μπενάκη ιδρύθηκε το 1973 με στόχο τη συγκέντρωση, διαφύλαξη και ταξινόμηση φωτογραφιών που απεικονίζουν μνημεία και αντικείμενα παλαιοχριστιανικής, βυζαντινής και μεταβυζαντινής τέχνης.
Το Τμήμα Ιστορικών Αρχείων του Μουσείου Μπενάκη ιδρύθηκε το 1955 και αποτελεί σήμερα έναν από τους πλέον οργανωμένους φορείς κατάθεσης και φύλαξης ιστορικών αρχειακών μονάδων στην Ελλάδα. Ο πρώτος πυρήνας των συλλογών του συγκροτήθηκε από αγορές που πραγματοποίησε ο Ιδρυτής του Μουσείου, Αντώνης Ε. Μπενάκης, κινούμενος στην λογική της διάσωσης, της διατήρησης και της συγκέντρωσης σε έναν οργανισμό, κειμένων, τεκμηρίων και μαρτυριών σχετικών με την δημιουργία και την πορεία του νεώτερου ελληνικού κράτους και της κοινωνίας του.
Το Αρχείο Παραστατικών Τεχνών του Μουσείου Μπενάκη ιδρύθηκε τον Μάρτιο του 2005. Στόχος του Μουσείου είναι η συγκέντρωση, η αποδελτίωση και η ταξινόμηση αρχείων που αφορούν στις παραστατικές τέχνες.
Τα Αρχεία Νεοελληνικής Αρχιτεκτονικής του Μουσείου Μπενάκη ιδρύθηκαν τον Απρίλιο του 1995 με σκοπό την συγκέντρωση στοιχείων, σχεδίων, προπλασμάτων, φωτογραφιών, εντύπων, χειρογράφων, κ.ά., για την ελληνική αρχιτεκτονική και την πολεοδομία. Τα στοιχεία καταγράφονται, ταξινομούνται και αρχειοθετούνται ώστε να είναι προσιτά στους ερευνητές. Χρονολογικά τα αρχεία καλύπτουν την περίοδο από την ίδρυσή του νεοελληνικού κράτους το 1828 έως και σήμερα.