Οι εκδόσεις του Ιδρύματος, έντυπες ή ηλεκτρονικές, εντάσσονται σε δύο κατηγορίες: (α) κατάλογοι εκθέσεων και λευκώματα και (β) μελέτες. Οι θεματικοί άξονες των εκδόσεων καθρεφτίζουν τη φυσιογνωμία και τους βασικούς άξονες των ενδιαφερόντων του Μουσείου: ελληνορωμαϊκή αρχαιότητα, βυζαντινός κόσμος, νεοελληνική τέχνη και παράδοση, ελληνική και ευρωπαϊκή τέχνη, αρχιτεκτονική, πολιτισμοί του κόσμου, φωτογραφία και εκπαιδευτικά προγράμματα.
Παράλληλα, έχει οργανωθεί η Σειρά «Βιβλιοθήκη του Μουσείου Μπενάκη», η οποία στεγάζει κυρίως μελέτες, Πρακτικά Συνεδρίων και αποτελέσματα επιστημονικών ερευνών, σχετικών με το περιεχόμενο του Μουσείου Μπενάκη.
Επιπλέον, το Μουσείο Μπενάκη εκδίδει από το 2001 το ομότιτλο ετήσιο περιοδικό του (Μουσείο Μπενάκη) και από το 2007 συνεκδίδει με τις Εκδόσεις «Μέλισσα»το περιοδικό Τα Ιστορικά.
