Ιστορικά Αρχεία

Για την επίτευξη του σκοπού του, ο Μπενάκης συνεργάστηκε με ειδικούς σε θέματα αρχείων καθώς και με λόγιους, όπως ο Ιωάννης Βλαχογιάννης και ο Δημήτριος Καμπούρογλου. Πρόκειται για προσωπικά, οικογενειακά ή επαγγελματικά αρχεία τα οποία συνδέονται με τον 18ο, τον 19ο και τον 20ο αιώνα και αφορούν  τομείς της ιστορίας, της λογοτεχνίας, της μουσικής καθώς και των παραστατικών τεχνών. Μέσα από της συλλογές και τα τεκμήρια δημιουργούνται συνδέσεις και ενισχύεται η γνώση και η αντίληψη των ερευνητών τόσο για την πολιτική, την κοινωνική και την επαγγελματική ζωή αλλά και για τις ποικίλες  διασταυρώσεις που συνέβησαν στον τόπο μας  στους τρεις τελευταίους αιώνες της ιστορίας του.
Το αρχειακό υλικό περιλαμβάνει κυρίως χειρόγραφα, δακτυλογραφημένα κείμενα, λυτά ή δεμένα, σε πρωτότυπη μορφή καθώς και αντίγραφα (φωτογραφική ή μηχανική αναπαραγωγή, μικροφίλμ κλπ.).  Συμπληρώνεται από αξιόλογο φωτογραφικό, χαρτογραφικό και οπτικοακουστικό υλικό (κινηματογραφικά φιλμ, DVD, μαγνητικές ταινίες, CD κλπ.). 

Σήμερα το Τμήμα των Ιστορικών Αρχείων περιλαμβάνει περισσότερες από 1.200 αρχειακές μονάδες, στις παρακάτω θεματικές κατηγορίες, από τις οποίες ενδεικτικά παραθέτουμε κάποιους  τίτλους αρχείων:
Μεταξύ άλλων:

· Αρχείο Αγώνα (1821-1832)
· Προσωπικά αρχεία αγωνιστών του '21 (μεταξύ αυτών: Ανδρέα Λόντου, Γεωργίου Καραϊσκάκη, κ.α. )
· Συλλογή φιλελληνικών εγγράφων
· Αρχείο Δημητρίου Καλλέργη
· Συλλογή Ιωάννη Βλαχογιάννη (οθωνική περίοδος)
· Αρχείο Μιχαήλ Σούτσου και Ιωάννη Καρατζά  (παραδουνάβιες ηγεμονίες)
· Συλλογή Δαμιανού Κυριαζή : Επιστολές Αδαμάντιου Κοραή, Αρχείο Νικολάου και Γεωργίου Μαυροκορδάτου, Αρχείο Γεωργίου Μπαλτατζή, κ.α)
· Αρχεία: Eλευθερίου Βενιζέλου, Νικολάου Πλαστήρα, Στυλιανού Γονατά, Γεωργίου και Κωνσταντίνου  Βεντήρη, Σοφοκλή Βενιζέλου
· Αρχεία και τεκμήρια: Ηρακλή Πετιμεζά (ΕΔΕΣ),  Πολιτική διαθήκη Έλλης Παππά , Αντώνη Μυτιληναίου ( ΠΕΑΝ), Ολυμπίας Παπαδούκα (ΕΑΜ –Θέατρο)
· Αρχεία ΠΑΚ: Αγγέλας Κοκκόλα,  Γιώργη Κίσσωνα, Γιώργου Τσουγιόπουλου
· Αρχείο Γεωργίου Αλεξάνδρου Μαγκάκη
· Αρχεία: Άγγελου Σικελιανού,  Αρχείο Πηνελόπης Σ. Δέλτα, Γιάννη Ρίτσου, Συλλογή εγγράφων Κωνσταντίνου Καβάφη
· Αρχεία: Εύας Πάλμερ- Σικελιανού (Παραστάσεις Δελφικών Εορτών), Κούλας Πράτσικα,  σκηνογραφίας Γιάννη Μόραλη, ενδυματολογικό αρχείο Γιάννη Τσαρούχη
· Αρχεία: Νικόλαου Μάντζαρου, Γιάννη Α. Παπαϊωάννου, Γιώργου Σισιλιάνου
· Αρχείο Σέμνης Καρούζου, οικογενείας Μπενάκη, Παύλου και Ειρήνης Καλλιγά

Η ανάπτυξη του Τμήματος τα τελευταία χρόνια συντελείται με ταχείς ρυθμούς, τόσο με την πρόσκτηση νέων αρχείων,  όσο και με την διαρκή υποδοχή και εξυπηρέτηση ερευνητών και αναγνωστών. Στις δραστηριότητές του εντάσσεται η μελέτη, η σύνδεση  και η ανάδειξη του υλικού μέσω της δημοσίευσης επιστημονικών άρθρων και μελετών, η εκδοτική δραστηριότητα, η συμμετοχή σε συνέδρια και η διοργάνωση εκθέσεων στην Ελλάδα και το εξωτερικό.
Τα Αρχεία του Μουσείου Μπενάκη στεγάζονται σήμερα στην οικία της Πηνελόπης Δέλτα στην Κηφισιά, η οποία περιήλθε το 1989 στην κατοχή του Μουσείου, ως δωρεά εν ζωή της κόρης της Αλεξάνδρας Παπαδοπούλου.